火影忍者羁绊后面几波的过关核心，关键在于把持续发育和坚决防守这两件事做到极致。进入游戏后半程，进攻波次的压力会显著增大，敌人不仅血量更厚，攻击更强，还会附带各种棘手的技能。你的核心思路不能乱，那就是利用波次间的间隙，尽一切可能去野外或者练功房刷怪，获取金币和经验，提升角色等级，并不断迭代你的装备。装备升级的路线在商店里有明确指引，一步步跟着合成更高级的装备是战力成长的基石。你必须时刻关注小地图上的红点提示，一旦敌人来袭，要果断使用回城指令迅速返家防守，基地的血量是你成败的生命线。整个流程最终的目标，是坚守到最后一波，击败出现的终极BOSS，这才算真正通关。后期的每一分钟都是在为最终的决战积累资本，发育和防守一刻都不能松懈。
扛住后面几波如潮水般的攻势，装备的彻底强化和羁绊力量的有效激活是绝对的硬实力保障。在装备层面，你需要将核心装备提升到高阶，例如将玉佩强化到13级，优先使用挑战副本掉落的强化石，不足的部分再用金币补齐。装备的合成路线通常指向几套终极套装，比如幻影、神武等，你需要根据自己英雄的特性来选择。羁绊系统提供的属性加成不容忽视，要根据队伍中忍者的特性进行搭配，力量型英雄可能适合触发分裂效果的套装，而智力型英雄则可能更需要增强群体输出的装备。一些终极的神器合成，往往需要女娲石、千年精华这类稀有材料，它们通常通过答题或击杀特定的高难度BOSS获取。把这些硬件基础打牢，你的角色才能在混战中站得住、打得痛。
到了游戏后期，单打独斗很难成事，明确的团队配合和清晰的角色分工至关重要。队伍里需要有核心的主力输出角色，全队的资源应当适当倾斜，帮助他快速成型，承担起清理大波敌人和击杀BOSS的重任。而其他队员则可以扮演辅助角色，主要负责守家、拉扯小怪仇恨或者提供控制。拉扯仇恨是一门技巧，你可以用技能或普攻吸引小兵的注意力，将其带离基地，为队友争取时间，但要注意仇恨时间只有五秒，需要持续操作。当技能带有眩晕效果命中小兵时，它们醒来后可能会丢失仇恨。一些团队后勤细节也能缓解压力，比如将回城指令设置为快捷键能让你反应更快，把多余的金币用来升级城堡基地，因为升级基地比购买属性书更划算，这些都是提升整体容错率的有效手段。一个分工明确、懂得互相查漏补缺的团队，过关会轻松很多。
后面几波中会出现一些拥有特殊机制的BOSS和高威胁敌人，必须提前了解并做好针对性应对。当迪达拉前来进攻时，他的自爆技能对基地伤害极大，你需要提前开启无敌技能或者想办法将BOSS引离基地范围。面对六道佩恩时，需要优先击杀其中的地狱道，以防止他复活其他佩恩，打乱你的节奏。而像秽土转生系列的BOSS以及最终的辉夜姬，她们的技能往往更具毁灭性。应对这些后期强敌，一定要管理好你的关键技能，保留无敌技能和高爆发的奥义用于关键时刻，不要随意交掉。保持走位，尽量避免被控制或集火，利用好加血道具和复活手段来维持生存。对这些关卡守卫者的特点心里有数，才能临阵不慌，稳稳拿下。
